In der Stadt erlosch das katholische Leben und der katholische Gottesdienst. Nur in Höfen und Hanweiler, die dem Deutschorden gehörten, blieb die alte Lehre zunächst noch gültig. Am 29. September 1665 verkaufte der Deutsche Orden die ganze Komturei einschließlich der Schlossanlage an den Herzog Eberhard III. von Württemberg.

Damit endete auch die kuriose (und noch auf die Schenkung Bertholds von Neuffen aus dem Jahr 1288 zurückgehende) Situation, dass auch nach der Reformation die evangelischen Pfarrer in Winnenden ihre Besoldung und ihre Wohnung von den katholischen Deutschordensherren bekamen. Ein Umstand, der bis zur Aufgabe der Deutschordenskommende Winnenden immer wieder zu Streitigkeiten und Klagen führte.